微波加熱造就物料體熱源的存在，改變了常規加熱干燥過程中某些遷移勢和遷移勢梯度方向，形成了微波干燥的獨特機理。由于物料小的水分介質損耗較大，能大量吸收微波能并轉化為熱能。因此，物料的升溫和蒸發是在整個物體中同時進行的。在物料表面，由于蒸發冷卻的緣故，使物料表面溫度略低于里層溫度，同時由于物料內部產生熱量，以致于內部蒸汽迅速產生，形成壓力梯度。初始含水率越高，壓力梯度對水分排除的影響越大，即有一種“泵”效應，驅使水分流向表面，加快干燥速度。由此可見，微波干燥過程中，溫度梯度、傳熱和蒸汽壓遷移方向均一致，從而大大改善了干燥過程中的水分遷移條件,當然要優于常規干燥。同時由于壓力遷移動力的存在，使微波干燥具有由內向外的干燥特點，即對物料整體而言，將是物料內層首先干燥。這就克服了在常規干燥中因物料外層首先干燥而形成硬殼板結阻礙內部水分繼續外移的缺點。